マトリックス組織と運営形態：研究階層を縦軸とし，プロジェクトを横軸とするマトリックス構造のグループを組織し，それぞれにサブリーダーを配置する．

各事業推進担当者は，階層別とプロジェクト別の両方に登録する．

評価システム（競争原理）の導入：各ステージの最終年において，研究実績，目標進展度を評価するとともに，研究資源の配分，構成メンバの配置を見直し，組織に流動性を持たせる．

研究情報公開と外部評価：各ステージの終了ごとに国際ワークショップを開催して，成果を広く国内外に公開して評価を受ける．

また開発途上国から若手研究者を積極的に受け入れ，技術先進国として指導的な役割を果たす．

研究成果の特許化を優先するとともに，民間企業への技術移転を促進するために，ナノメカトロニクス機構の設立を目指す．